员工停薪留职期间公司缴纳社保，可能受特殊情形影响，处理结果也会不同：
1、用人单位单方面决定停薪留职，未经员工同意。此时停薪留职因缺乏协商一致可能无效，公司即便缴纳社保，也无法消除其违法解除或变更劳动合同的法律后果，员工仍有权要求恢复原工资待遇或解除劳动关系并索赔。
2、停薪留职期间，用人单位要求员工完成工作任务。若员工实际提供了劳动，双方关系可能被认定为正常劳动关系，公司不仅要缴纳社保，还需按正常工资标准支付报酬，社保缴纳基数也可能调整，进而影响社保缴纳的具体金额和方式。
3、职工自愿放弃补缴社保的权利，并有书面证明。若员工自愿放弃且有真实意思表示的书面证明（无欺诈、胁迫等情形），公司未缴纳社保可能合法；否则员工仍可主张证明无效，要求公司补缴。
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员工停薪留职期间公司缴纳社保，需注意以下法律风险：
1、协议约定不明确的风险。若停薪留职协议仅约定公司交社保，未明确险种、缴费基数、个人部分承担方式等，可能引发纠纷。例如，协议未说明个人部分如何处理，复职后公司要求补缴，员工可能拒绝，从而产生劳动争议。
2、公司单方面停止缴纳社保的风险。即便协议约定公司交社保，若公司因经营恶化等原因单方面停缴，员工可能面临社保断缴，影响医保、养老等权益。例如，公司资金链断裂停缴社保，员工生病住院时无法报销医疗费用。
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员工停薪留职期间公司缴纳社保是否合法，需结合双方协商情况及法律规定判断：
在双方协商一致且明确约定的情况下，公司为员工缴纳社保是合法的。若停薪留职协议明确约定由公司继续缴纳社保，且约定不违反法律法规强制性规定，则公司缴纳社保合法；若协议未约定社保缴纳事宜，或约定由员工个人全部承担但公司未实际缴纳，公司是否缴纳社保需结合具体情况分析；若停薪留职是用人单位单方面决定且未经员工同意，即便公司缴纳了社保，停薪留职行为本身可能存在瑕疵，但社保缴纳行为本身并不当然违法。

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